События разворачиваются после последней битвы, когда силы зла потерпели поражение в Смертельной Битве. Однако они не намерены сдаваться. Они опять нападают на Землю и пытаются взять ее силой, игнорируя таким образом, правила турнира. Императором Внешнего Мира Шао Каном был открыт портал, который разделял два мира и теперь все ждут слияния миров в один. Этот процесс должен длиться шесть дней. После этого уже никто не сможет помочь человечеству.Лю Кан представляет собой шаолиньского монаха. С его помощью была одержана победа в последнем раунде Смертельной Битвы, когда он помог воинам добра. Он принимает решение, что должен остановить Императора Шао Кана и помешать слиянию Мира Земного и Мира Внешнего. Уже с самого начала он оказывается в непростом положении.

This time there is no tournament. This time there no rules. This time there is only Annihilation