В центре истории анимационного фильма «Тайна Коко» находится двенадцатилетний мальчик Мигель, живущий в небольшой мексиканской деревушке. Родившись в семье сапожников, он с интересом наблюдает за жизнью и работой домашних, но себе хочет иную жизнь. Мигель спит и видит, как станет популярным музыкантом и будет исполнять свои авторские песни перед заполненными людьми залами. И все бы могло быть хорошо, если бы не тот факт, что в его доме музыка считается настоящим проклятием.
Когда-то один из его прадедов оставил свою жену ради того, чтобы осуществить свою мечту и поэтому музыкальная тема из поколения в поколение переходит как табу. Несмотря на это, Мигель старается узнать о своем дальнем родственнике как можно больше. Вскоре он обнаруживает, что между ним и его любимым музыкантом существует некая связь. И чтобы лучше это понять, он отправляется в Страну Мертвых. Там он встречается с духами своих предков и находит напарника-проводника. Вдвоем они отправляются на поиски того, кого Мигель считает своим кумиром.